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Un outil apporte clarté et qualité à une technique avant-gardiste de cartographie des tissus

A man holds up a laptop showing a scientific image

Des chercheurs de L’Hôpital d’Ottawa et de l’Université d’Ottawa ont joué un rôle clé dans la découverte d’une nouvelle ressource en libre accès susceptible de considérablement faire progresser l’utilisation d’une puissante technique de cartographie des tissus appelée « transcriptomique spatiale ». Cette technique d’avant-garde permet aux chercheurs de comprendre la structure et l’activité des différentes cellules d’un tissu. 

A man wearing glasses smiles at the camera

« La transcriptomique spatiale revêt un énorme potentiel permettant de comprendre des systèmes biologiques complexes comme des tumeurs ou des organes en développement, bien que jusqu’à présent, il n’existe aucune norme commune pour juger et comparer les données produites dans différents laboratoires, de dire David Cook, Ph. D.

« La transcriptomique spatiale revêt un énorme potentiel permettant de comprendre des systèmes biologiques complexes comme des tumeurs ou des organes en développement, bien que jusqu’à présent, il n’existe aucune norme commune pour juger et comparer les données produites dans différents laboratoires, de dire David Cook, scientifique à L’Hôpital d’Ottawa et professeur adjoint à l’Université d’Ottawa. Nous avons mis au point cette ressource pour faire en sorte que les données de transcriptomique spatiale soient plus cohérentes, fiables et faciles à utiliser dans les différents laboratoires, afin que les scientifiques puissent avoir confiance en leurs conclusions et s’appuyer sur le travail des uns des autres. »

Ce nouvel outil a été conçu dans le cadre du projet international Spatial Touchstone, codirigé par David Cook, aux côtés de collègues du St. Jude Children’s Research Hospital, de Weill Cornell Medicine et de l’University of Adelaide. Un article a été publié à son sujet dans Nature Biotechnology. 

Le projet Spatial Touchstone comprend : 

  • Une importante collecte d’excellentes données de transcriptomique spatiale provenant de multiples types de tissus.
  • Des protocoles normalisés que les laboratoires peuvent suivre pour que les expérimentations se fassent partout de la même manière.
  • Des outils logiciels gratuits qui permettent aux scientifiques de vérifier la qualité de leurs propres données et de les comparer avec l’ensemble des données de référence.
  • Un portail en ligne convivial dans lequel les chercheurs peuvent téléverser leurs premières données d’échantillon et voir s’ils répondent aux normes de qualité avant de consacrer beaucoup de temps et d’argent à une analyse complète.  
     
Auteurs :

Plummer JT, Dezem FS, Cook DP, Park J, Zhang L, Liu Y, Marção M, DuBose H, Wani A, Wise K, Roach M, Harvey K, Wang T, Jensen KB, Morosini N, De Gregorio R, Alonso A, Houlihan SL, Schwartz RE, Hissong E, Snopkowski C, Wrana JL, Ryan N, Butler LM, Church G, Swarbrick A, Mason CE, Martelotto LG.

Financement :

South Australian immune GENomics Cancer Institute (SAiGENCI), Ovarian Cancer Research Alliance, Chan Zuckerburg Foundation, Breast Cancer Research Foundation, National Health and Medical Research Council, National Breast Cancer Foundation, Cancer Council NSW, WorldQuant and GI Research Foundation (GIRF), NASA, National Institutes of Health, UK Cancer Grand Challenges (SAMBAI), Blood Cancer United, Boryung and Bumrungrad International Hospital.

En savoir plus :

L’Hôpital d’Ottawa est un centre universitaire de pointe dans le domaine de la recherche et de la santé et un hôpital d’enseignement fièrement affilié à l’Université d’Ottawa et soutenu par la Fondation de l’Hôpital d’Ottawa.